O tratamento deve ser iniciado o mais precocemente possível. Existem três tipos de tratamento para as discrepâncias e desproporções faciais: (1) modificação de crescimento, (2) compensação ortodôntica e (3) reposicionamento cirúrgico da maxila e da mandíbula através da cirurgia ortognática.
A modificação do crescimento é a abordagem ideal. Esse tipo de tratamento é atualmente conhecido como ortopedia funcional dos maxilares e pode melhorar, até certo ponto, algumas características faciais, porém só é eficaz em pacientes em fase de crescimento (crianças e adolescentes).
A compensação ortodôntica se resume a movimentação dentária com o intuito de mascarar os problemas esqueléticos e corrigir o encaixe dos dentes, porém este método de tratamento está indicado apenas em casos de deformidades suaves, quase sempre indica a extração de dentes sadios e, em alguns casos, pode agravar o problema estético.
Se a alteração do crescimento não tiver êxito, se o problema for muito grave ou a queixa principal do paciente não for passível de correção com a aplicação da compensação, a única alternativa para o tratamento é a cirurgia ortognática.